In 958 werd Bosnië (Bosona) voor het eerst als politieke eenheid (binnen dat prinsdom) genoemd, in een handboek geschreven door de Byzantijnse keizer en historicus Constantijn Porphyrogenitus. Kort daarna komt het gebied weer onder Kroatische invloed en in 1019 herstelt het Byzantijnse Rijk onder leiding van keizer Basilius II (de ‘Bulgarendoder’) het directe gezag, hoewel op sommige plekken lokale heersers zeer machtig bleven. Lokale prinsen van Duklje (Montenegro), Hum (Herzegovina) en het Raška (Zuid-Servië) bundelden hun krachten en onder koning Bodin veroverden zij het grootste deel van Bosnië. De overgang van de elfde naar de twaalfde eeuw was een breekpunt in de geschiedenis van de westelijke Balkan. Na de dood van Bodin in 1101 verplaatste het zwaartepunt van de Servische macht zich oostwaarts naar Raška. Intussen had Hongarije de Kroatische gebieden veroverd en werd de Hongaarse koning Koloman gekroond tot koning van Kroatië. De relatie tussen die twee staten zou in verschillende hoedanigheden en met een aantal onderbrekingen tot 1918 blijven bestaan.

Ook Bosnië kwam onder de macht van de Hongaars-Kroatische koningen, maar als afgelegen provincie onder leiding van een soort gouverneur (ban). Na een korte periode waarin keizer Manuel I Komnenos het Byzantijns gezag herstelde, kwam Bosnië na diens dood in een machtsvacuüm terecht. Het gebied werd niet bestuurd door het Byzantijnse Rijk en ook niet door de Hongaren, Kroaten of Serven. Vanaf 1180 fungeerde het gebied tussen de Drina en de Adriatische Zee voor het eerst als onafhankelijke staat. Die staat bleef bestaan totdat de Osmanen in 1463 de macht overnamen, maar periodes van bloei en eenheid werden afgewisseld met periodes van verval en verdeeldheid. Onder drie krachtige leiders wist het Bosnische koninkrijk een sterke positie in de regio te vergaren: Ban Kulin (1180-1204), Stefan Kotromanic (1322-1353) en Stefan Tvrtko (1353-1391).

Ban Kulin heeft nog steeds een mythische status. Bosniërs zien hem als representant van een lang vervlogen tijd waarin alles beter ging; veel straten en pleinen in steden zijn naar hem vernoemd. Doordat Kulin goede contacten onderhield met de leider van Hum, die Kulins zus trouwde, en de Servische groot-župan Stefan Nemanja, was er in de 24 jaar van zijn bewind steeds vrede en daarmee welvaart in Bosnië. De economie bloeide op doordat Ban Kulin in 1189 een handelscontract sloot met Ragusa (Dubrovnik) en handelaars uit die stad aanmoedigde de Bosnische mijnen te exploiteren. De lood-, koper-, goud- en vooral zilvermijnen bleven eeuwenlang dé basis voor de Bosnische economie. De relaties met Hongarije en Zeta (daarvoor Duklje; nu Montenegro) waren minder amicaal, ten gevolge van een religieus conflict. In tegenstelling tot het orthodoxe Hum was Bosnië een katholiek land en het stond onder leiding van de aartsbisschop van Ragusa. Hongarije wilde echter meer invloed en voerde in Rome campagne om Bosnië onder de jurisdictie van de meer Hongaars-gezinde aartsbisschop van Split te plaatsen. De leider van Zeta, die het niet slecht uitkwam om zowel Bosnië als Ragusa in diskrediet te brengen, begon daarop brieven naar de paus te sturen, dat Ban Kulin, zijn vrouw en zijn volgelingen een ketters geloof zouden aanhangen. Kulin loste de crisis op door op het zogenaamde ‘concilie van Bilino Polje’ een aantal ‘fouten’ officieel te herroepen. Hoewel Ban Kulin tot zijn dood volhield een goed katholiek te zijn, is zijn naam later verbonden met de Bosnische Kerk, een in de ogen van Rome ketterse sekte.

Na de dood van Ban Kulin bleef Hongarije pogen zijn invloed in Bosnië te vergroten en trachtte zelfs twee keer het gebied te annexeren. Dat mislukte, maar wel wisten ze de paus ervan te overtuigen Bosnië onder de aartsbisschop van het door hen gecontroleerde Slavonië te plaatsen. Dat resulteerde echter in nog meer vrijheid voor de Bosniërs, doordat de aartsbisschop op een zo grote afstand weinig invloed had. Na een periode van strijd tussen verschillende adellijke families kwam begin veertiende eeuw Stefan Kotromanic als sterke leider bovendrijven. Hij annexeerde een aantal gebieden in het noordwesten van het huidige Bosnië en ook Hum, waardoor voor het eerst in de geschiedenis Bosnië-Herzegovina een politieke eenheid vormde. Hoewel hij zelf waarschijnlijk orthodox was accepteerde hij de Bosnische Kerk en liep hij op eieren om de relaties met de paus goed te houden. Zo stond hij in 1340 de franciscanen een missie in Bosnië toe. Verschillende bronnen wijzen erop dat hij zich in 1340 tot het katholicisme bekeerde. Toen Stefan Kotromanic in 1353 in het franciscanenklooster bij Visoko begraven werd, liet hij een welvarende en krachtige Bosnische staat achter.

Welvaart en macht staat of valt met de goede samenwerking van de lokale edelen. Interne strijd tussen de verschillende families leverde de pas vijftienjarige neef en opvolger van Kotromanic, koning Tvrtko, aanvankelijk grote problemen op. Nadat hij zijn autoriteit gevestigd had kon Tvrtko gaan werken aan de uitbreiding van zijn rijk. Hij veroverde bijna de hele Dalmatische kust, met uitzondering van het onafhankelijke Ragusa en van Zadar, dat onder Venetië bleef vallen. Eind veertiende eeuw rukten de Osmaanse legers steeds verder naar het westen op. In 1389 hielp koning Tvrtko de Servische prins Lazar in de slag bij Kosovo Polje, maar dat kon de opmars van de Turken niet stoppen. Een jaar na de dood van Tvrtko in 1391 stonden alle Servisch-orthodoxe gebieden met uitzondering van Hum onder Osmaans bestuur. Bosnië had zijn sterke leider verloren en wachtte een onzekere toekomst. Voortdurend dreigde de Turkse inval. De koningen Tvrtko II (een onechte zoon van Tvrtko I), Stefan Tomaš en zijn zoon Stefan Tomaševic verzochten de paus nog enkele malen om steun in ruil voor het bestrijden van de Bosnische Kerk. Het mocht niet baten: een groot Osmaans leger onder leiding van sultan Mehmet II marcheerde in 1463 vanuit Adrianopel (Edirne) Bosnië binnen; na de val van het fort van Jajce vluchtte koning Tomaševic noordwaarts en werd uiteindelijk bij Kljuc verslagen.